創立年代は不詳。往古より牛頭天王と称した。

文久３年（1863）9月、本殿再建。

明治元年（1868）6月船木社と改称、同7年船木神社と改称した。船木地区の氏神である。
当社が祭りに幟を立てると雨が降り村人達は慈悲深い神様の涙雨と呼んでいる。

江戸時代より明治の半ば頃までの棟札10枚が現存する。