創立年月は不明である。貞享3年（1686）の棟札が現存する。

古くは、天王（牛頭天王）と称していたが、 明治初年（1868）に横枕神社と改称した。

口伝によれば、当社は建武（1334～）以前の創立で、横枕村字天王谷（現社地の500ｍ北方）に鎮座していたが、 文明年間（1469～87）現社地に遷座したという。旧社地には現在も清水が湧く。

元禄の頃（1688～）迄は、社領宮田2反歩を有したと伝わる。

横枕の「因幡の傘踊り（県無形民俗芸能（昭和49・10・18））」 は、天明6年（1786）に日照りが続き村人が慈雨を祈願し宮籠りをしたとき、二平という若者が雨傘に白幣をつけて踊ったところ雨が降った事にはじまると伝わる。