創立年代不明。本社は上古、古海郷菖蒲の宮ノ元に鎮座。奈良時代に薬師寺と習合。

貞観年間（859～77）の風水害により、 菖蒲山中腹の水ツキに奉遷。

近世まで山王権現と称し、妙見社(素盞嗚尊)、荒神（素盞嗚尊）と共に里人の信仰を集めた。

明治元年（1868）、菖蒲神社と改称。

大正13年4月、大平神社（もと牛頭天王・素盞嗚尊、享保年中（1716～36）より宮ノ谷に鎮座）を合祀。

昭和15年10月、菖蒲山宮ノ谷に奉遷、鳥取縣護國神社本殿の譲渡を受け移築、幣殿拝殿を再建した。

平成4年の御大典奉祝事業として、村里寄りの現社地に奉遷し本殿を移築。幣拝殿を新築するとともに、境内全般の整備を行った。