創立年代不詳。寛政元年（1789）「新社建立平山荒神」の棟札がある。

近世まで平山大明神と称したが、明治初年に本高神社と改称した。本高地区の崇敬神社である。

本高は立見神社と本高神社の2社の氏子なので、幟に両社の社紋が染められている。