創立年代不詳。

国史に見える「伯耆神」について『大同類聚方』（大同3年（808））に、「伯耆神は延喜式伯耆國川村郡波波伎神社当国国造祖神を祀る、伯耆薬は伯耆国川村郡波波伎神社に伝ふ」とあるように当社のことであり、主祭神は事代主大神である。

『続日本後記』 承和4年（837）2月の条に「川村郡无（無）位伯耆神―略―授従五位下」とあり、斉衡3年（856）8月に「従五位上」（『文徳實録』）、 貞観9年（867）4月に「正五位上」（『三代實録』）に叙せられている。

『延喜式』神名帳（927）では「波波伎神社」と称され小社に列せられる。

天文12年（1543）雷火の為に社殿が焼失。

以後、小祠に奉斎されていたが宝永5年（1708）に産子伊藤孫左衛門が発願し社殿を建立した。

明治初年に郷社に列し、同10年5月産子福井善十郎が願主となり現在の社殿を建立した。

大正5年村社海田神社（宇佐大明神　宗像三神）を合併、昭和4年に県社に昇格した。

福庭地区の氏神である。

内大臣平重盛公（小松殿）の祈願所であったことから、波波伎神社小松大明神とも称されていた。

羽衣石城主南條伯耆守元続公祈願所として崇敬篤く、本社及び付属神社建物修繕等の神社費用一切を引き受けられ、神社及び神主守護の為、家老岸田弥助菅原長壽を遣わされた。

境内に幅3間、長さ70間の旧馬場跡があり、武運長久を祈念して5月5日に競馬奉納がなされていたが、南條公落城の後はこの儀式も廃れ、馬場という名称と地形のみが残っている。