起源沿革は不詳であるが、近世まで上里大明神と称した。

日下大明神、末社新宮大明神を明治元年に合祀、上里神社と改称した。

清谷地区の氏神である。

旧神社誌は、「神倭天皇日向より東夷平定に山陽に寄り給ひし際、伯耆氏稲飯命に神懸坐て曰く、『―前略―汝稲飯長人吾神魂を三子の嶋に對へる地の朝日の只刺夕日の日蔭る清の地に神籬を眞日向に建て、吾が神魂を齋奉れ、―中略―。吾は久志振陀計に天津神床を遷せし天津日高彦神なり、神伴に天津兒屋根命、天鈿女命坐しき。』との神勅を畏み斎神籬を建て仕奉りし天の神の宮なりき」との社伝を記し、『三代實録』元慶7年（883）12月条にみえる「正六位上天高神従五位下」の記事を当社に比定した社伝を載せている。