創立年代不詳。

京都の賀茂御祖神社より勧請されたと伝えられる。

小鴨郷内には、京都に類似した地名・寺社名が多くみられる。

古来より武将の崇敬篤く、文治年中（1185～90）以降、佐々木氏・名和氏・山名氏等の営繕が見られる。

寛正2年（1461）小鴨岩倉城主鴨部隠岐守久基、天正年中（1573～92）同城主小鴨左衛門尉元清等代々氏神として崇敬し、奉納の宝物（額面、十二勇士血書祈誓板等）を残す。

また寛永9年（1624） 池田光政・光仲両公の国替時に、天文6年（1536）3月12日刻印の、三六歌仙絵扁額が播州より奉納されている。

享保3（1718） に三間に二軒の本殿を造営。

郷内18ヶ村の大社として崇敬された。

近世まで小鴨大明神また大宮大明神と称していたが、明治初年に小鴨神社と改称し、摂社諏訪大明神（建御名方神）と山之神（句々能智命）を合祀した。

大正4年に、留海の村社富海神社（もと牛頭天王　素盞嗚神）、 小鴨の市場神社（もと三宝荒神　牛頭天王　奥津彦神　土祖神　奥津姫神　倉稲魂神）と宮村神社（もと三宝荒神　奥津彦神　奥津姫神　祖神）、下大江の岸神社（もと早瀬大明神　瀬織津姫神）、菅原の菅原神社（もと山之神　句々能智命　倉稲魂神）、東鴨の長坂神社（もと客神大明神　大己貴命　倉稲魂神）と弓削神社（もと牛頭天王　素盞嗚神）、中河原の中河原神社（もと三宝荒神　奥津彦神　土祖神　奥津姫神　倉稲魂神）、岩倉の岩倉神社（もと三宝荒神　奥津彦神　土祖神　奥津姫神　句々能智命）を合併した。

菅原、岩倉、大宮、弓削、長坂町、長坂新町、下大江、中河原、小鴨各地区の氏神である。

かつて小鴨神社摂社八幡宮（現在は廃社）があり、康平2年（1059）に八幡太郎義家公の家臣が軍鐘を奉納したが、後世、洪水の為流失 したと伝わる。