北谷村山長の庄11ヵ村の総産土神であり、近世まで山長大明神と称し、聖武天皇の御代に創祀と伝える。

延宝6年（1679）に社殿再建。天明6年（1786）松平相模守領分348社中5社の大社に選定されている。

明治初年まで毎年3月9日、9月9日の両祭日に氏子中より奉幣するを例とした。

明治初年山長神社と改称。大正5年2月、中野の村社中野神社（もと瀬森大明神　瀬織津媛命　日智理神　倉稲魂神）、大河内の大河内神社（もと荒神　山ノ神　素盞嗚尊　大山祇命）、杉野の村社杉野神社(もと小森大明神　句句奴志神)、長谷の長谷神社(伊弉諾命)、忰谷の村社總谷神社（大己貴命）、沢谷の北野神社（もと天神宮　菅原道真公）を合併した。戦後、中野神社が分離した。現在は森、大河内、汗干の氏神となっている。