創立年代不詳。

往古より船居（船内）大明神と称した。

明治初年、下古川村内の末社稲荷大明神（倉稲魂命）を合祀し、船内神社と改称した。

大正5年、古川澤神社（もと荒神　須佐之男命）、井手畑神社（もと武士大明神　経津主命）、中江神社（もと荒神　須佐之男命）を合祀した。

下古川、古川沢、新田、中江、大塚、井手畑の産土神として崇敬されている。