鎮座の由来、年月不詳。

近世は旗権現といい、また旗牛王（籏牛王）とも称したが、明治初年畠谷神社と改称。

大正15年10月に片柴の北野神社に合併し三徳神社と改称したが、昭和23年9月に分離して畠谷神社として旧社地に再興した。

平成3年に本殿を移築、覆殿・拝殿を新築。三徳の氏神である。