創立年代は不明だが、源義朝の旗下大久保左馬之祐が崇敬したと伝わる。

正治元年（1199）時の奉仕神主大坂林竹の調書が残る。元和6年9月（1620）には神田高2石、時の寺社役梶田清右衛門より寄進の證書が現存する。

三朝の氏神で近世まで大久保大明神と称した。明治初年湯村神社と改称した。大正10年12月に境内末社外谷神社と同村大字砂原字宮ノ上の村社砂原神社（もと八幡宮）を合併し三朝神社と改称した。

合併した外谷神社（素盞嗚命）は外谷区の氏神で、近世まで牛頭天王と称していた。明治初年に廃社となったが明治10年に湯村神社境内末社として復興された。

同じく砂原神社（譽田別尊武内宿禰命大山祇命）は、砂原の氏神で近世まで妙見山正八幡宮と称して砂原村妙美井山の山頂に鎮座していたが、宝永2年4月（1705）に字宮ノ上に奉遷し、天領三反歩の御免地を賜わっている。

文化3年（1806）以前は毎年6月14日より3日間祈祷して河村・久米・八橋の三郡に神札を全戸配布していた。

この時使用の配札箱には妙見山正八幡宮と記され、その下に寺社役所の焼判を押した懸板（懸板現存）を掛けて配札した。

三朝、砂原の氏神である。