当社の創立は、宝徳元年（1449）10月、伊勢国外宮西相殿の神、天乃兒屋根尊天乃太玉尊2柱の御分霊、また近江国高島郡水尾社右殿の神、天鈿女尊の御分霊を勧請し、天神川礫堤に奉斎された。

後に現在地に移遷された。

古くは一宝天王又は一宝大明神と称していたが、明治5年に長瀬神社と改称。

大正11年本殿、幣殿、拝殿を改築。大正12年大字久留字屋敷鎮座村社久留神社（もと久留大明神天兒屋根尊）大字長瀬字天王鎮座村社水下神社（もと牛頭天王須佐之男尊）を合併した。

長瀬地区の氏神である。平成3年に社務所を改築し、平成5年に参籠所を新築した。