創立年代は不詳。南谷地区の氏神である。

天文年中（1532～55）本村に天満天神を勧請したと『安西軍策』に記載される。

尼子輝房が落城の折に、家老戸崎玄蕃が御台所をかくまい、赤池村に居住、天神像を刻んで自宅に祀っていたが、ある夜、霊夢を感じ、神託によって南谷の現在地に社殿を建立し奉斎したと伝えられている。

それ以来赤池、南谷2村の産土神とされていた。

近世は天満宮と称していたが、明治元年北野社と改め、明治5年北野神社と改称した。大正6年大字光吉字茅見堂鎮座村社光吉神社（もと三宝荒神須佐之男神）を合併し、境内を拡張して社殿を改築した。

平成3年8月、幣殿、拝殿を火災で焼失したが、翌4年に両殿を改築した。