創立年代不詳。藤津の崇敬神社である。竜王大明神と称していたが、明治元年藤津神社と改称した。

当社付近に竜王前と云う小字が存在する。古代藤津は海岸であったと伝えられ、今でも深く掘ると海砂が出るところもあり、通称「大浜・小浜」、小字 「中浜」の地名もある。

元禄12年（1699）本殿改築。文久2年（1862）本殿再建。明治26年の豪雨で社地が崩落したので、翌27年、 1段下の現在地に旧社殿を移遷した。 

昔海神が海上を漫遊し当地に到着されたとき、地元民は突然のことで餅をつく暇がなく団子を供したと伝えられ、以後藤津では正月には餅の代わりに団子を食べる習慣が出来たという。