創立年代不詳。往古より六社大明神と称したが、明治初年別所社と改 め、同6年別所神社と改称した。

昭和3年2月に別宮字下河原の村社宮山神社（もと若宮大明神天種子神宇迦御魂神）を合併、同年10月古長字麻生の村社麻布神社（もと六社権現祭神六柱は本社と同じ）、古長字坂ノ谷の古布地神社（もと金月大明神金山毘古神）を合併して古布庄神社と改称した。

別宮、古長二部落の氏神である。