創立年代は不詳。棟札に元禄15年（1702）のものがある。

往古より三宝大荒神と称し、明治初年に神崎神社と改称した。牛馬の守護神として近郷はもとより、岡山、広島、島根の県境の郷まで崇敬が篤かった。

古来、旧暦28日が縁日で、毎月門前市が立った。山陰の桑苗の初値や、牛の競市、ひな荒神（旧2月28日）など、時代の推移と共に市の内容も変遷した。本殿の檜皮葺は戦後も3回の葺き替えを行っている。社殿の周囲一面に施された彫刻は圧巻である。

近世は、赤碕の東の宮と称されていた。氏子はなく崇敬神社である。天正年中、山陰8カ国の守護代尼子氏（義久の代）が毛利氏との戦いに敗れて富田月山城落城（1564）の際、家臣が城郭にあった守護神を笈に負い、この赤碕の里に逃れて現在の社地に小祠を建立したとも伝えられる。