創立年代は不詳であるが、『三代実録』（901）元慶7年（883）12月の条に「伯耆国正六位天乃神奈斐神従五位下」と記載されている国史現在社である。

近世まで津上大明神と称し赤碕の中の宮とも称した。藩主池田家より郡の大社として祈願所とし、提灯、幕の奉納があった。

明治初年に、天乃神奈斐神社と復称。明治26年社殿が焼失し 同28年再建した。御祭神としては大己貴命、少彦名命を奉斎していたが、大正元年に赤碕の長山神社（もと八幡宮誉田別命赤碕の西宮とも称した）、同境内社武内神社（武内宿禰命）、西谷神社（もと荒神素盞嗚命）、福留神社（もと王子権現事代主命）、三方神社（もと荒神素盞嗚命）、平瀬神社（もと弁財天市杵島姫命）、同境内社綿津見神社（綿津見命）、松谷の村社松谷神社（もと牛頭天王素盞嗚命）、同境内社三穂神社（事代主命美津穂姫命）、東松谷の村社亀崎神社（もと荒神素盞嗚命稲田姫命）、同境内社恵比須神社（事代主命）、同境内社火鎮神社（軻遇突智命）、同境内社龍宮神社（少童命）、別所の大林神社（もと熊野権現伊弉那岐命速玉男命事解男命）の14社を合祀した。地区27部落の氏神である。