社伝によると、文明年間(1469～1487)出雲国日御碕神社の分霊を勧請し、村内に社殿二宇を創立、上社下社と称して崇敬していたが、正徳3年(1713)現在の地に合併奉遷した。

明和5年（1768）、嘉永3年（1850）の社帳には、「日御﨑大明神　祭神大日孁尊　素盞嗚尊」と記されているが、享保8年(1723)、火災により社殿を焼失、社宝、古記録を失う。嘉永5年(1852)に再度類焼の難に遭ったが、嘉永6年(1853)に現在の本殿を建立した。

明治初年に境内末社の祇園（素盞嗚尊）と番匠祖神（手置帆負命彦狹知命）、村内末社 の今宮大明神（大穴牟遲命）、切明山王神（大山祇命）、八幡宮（誉田別命）、浅間大明神（木花咲耶姫命）、幸神（猿田彦命）を合祀して日御﨑大明神と改称した。

大正5年4月森岡の森岡神社（もと荒神　素盞嗚命）・塞神社（もと幸神　八衢彦　八衢姫　猿田彦命）を合併した。

昭和62年の遷座祭の際、拝殿・幣殿・神輿庫を改築した。

嘉永5年の火災の際、それまでの社殿は北面していたが、仏寺と相対し之を憚るとして、日沈宮の故事により西面に改め境内を拡張して再建した。当時の神主門脇重綾は、慶応4年鳥取藩最初の徴士として新政府において神祇少輔をつとめ、明治4年教部大丞となって神社改革に足跡を残した。