創立年代不詳。往古、京都祇園社（八坂神社）と出雲日御碕神社の両社を勧請し、西灘の地に二社殿を建立奉祀していた。明治初年に合併して一社となる。古来祇園社と称していたがこの時西灘神社と改称した。外江町全域を氏子区域とする。

社伝によると、約400年前疫病流行を鎮めるために、丁左が始まったとされる。