創立年代は不詳であるが、当地区には古来、幸神と荒神の二社が奉斎されていた。

明治元年に幸神（猿田彦命　天宇受賣命）を青木社と改称し、同年蛭子社と改称した三宝荒神（事代主命、素盞嗚命、綿津見命）を合祀。同5年に青木神社と改称した。同12年に蛭子社を一度分離したが、同42年に再度合祀して社号を協議の上幸神神社と改称した。

昭和58年5月美保基地周辺整備事業による氏子の佐斐神町全戸移転に伴い、現社地に奉遷し社殿をすべて新築した。氏子区域は、佐斐神、幸神町である。

幸神は寛永3年（1626）修復棟札、三宝荒神は明和6年（1769）の棟札を存する。