創立年代不詳。近世初期、旧畠崎村が旧甲山村から分村して以来の氏神で、牛頭天王（享保六年（1721）の社帳、『因幡誌』等）と称された。

明治初年に畠崎神社と改称した。現在の本殿は、福井鎮座の天穂日命神社の旧殿を譲り受けたもの。

獅子舞は、古くから伝承され、権現流を用いている。