創立年代不詳。『延喜式』神名帳（927）所載の神社である。

近世、 天鷺宮（天三祇宮）と称されたが、明治初年、天日名鳥命神社と改称。

大正2年に字村の中の福谷神社（もと荒神素盞嗚 命）を合祀。

以前は現社地の中腹に至る参道の中程に鎮座していたが、大正2年に山頂の現社地に遷座した。

往古は天日名鳥命・天穂日命・天日鷲命を、夫々祀る社があったが、後世戦火で消失し、三神を相殿として天三祇ノ宮（あまさぎのみや）・ 天鷺宮と称したと伝わる。

神社鳥居横の御手洗池（現在は無い）に要石という大石二つがあり、地の底にいる大鯰の頭と尾を押さえていたと伝わる。

山麓に腰掛け岩があり、祭神がこの岩に腰を掛け、魚を釣った古跡とも伝えられる。