起源沿革は不詳。寛政9年（1797）に石鳥居が建立されており、額面には荒神宮とある。

弘化3年（1846）に本殿を建立。

三津村の氏神で近世まで荒神と称されたが、明治初年に三津神社と改称した。

昭和49年8月に本殿・幣殿・拝殿・玉垣を改築。

平成8年から12年にかけて神輿庫と社務室、手水舎を建立した。