創立年代は不詳。古来、貴船大明神と称され、祈雨祈晴の神として広く崇敬されてきた。近世、貴布禰と八幡が同殿で奉祀された。明治初年に末社の山ノ神、熊野権現、天神を合祀して長田神社と改称した。長田集落の氏神である。

長田には名和氏先祖の墳墓もあり、当時は、名和氏崇敬の八幡宮であった。神社周辺は往古、郷原千軒といわれていた。昭和48年神社の周辺で古代の住居跡が多数発掘された。この住居跡は県内において最も標高の高い位置にあり、200余りの古墳がある。