創立年月不詳。往古より客大明神と称し産土神として崇敬していたが、明治初年に小谷神社と改称された。大正４年に上長田村下中谷の白山神社（もと白山権現　伊弉那岐命　伊弉那美命　菊理比女命）、三嶋神社（大山祇命）、大田神社（下照比女命　大田命　經津主命　武甕槌命）、上中谷の大川内神社（天之菩卑命　大己貴命　小名彦那命）、赤谷神社（齋主神）、早田神社（素盞男命）、定常神社（素盞男命）、篠畑神社（素盞鳴命）、大木屋の住吉神社（住吉大明神　底筒男命　中筒男命　上筒男命）の９神社を合併して上長田神社と改称した。昭和５８年賀祥ダム建築に伴い現社地に遷座。旧上長田村のうち、上中谷、下中谷を氏子区域とする。