往古、紀伊国熊野より勧請、熊野１２社権現（宮谷の熊野権現）と称し、小松庄７ヶ村（荻名、上野、池野、井上、小松、宮谷、御内谷）の氏神として崇敬された。中世、神宮寺として円福寺、法伝寺の２寺を有し、当社社宝の大般若経２００巻は嘉禄から寛元の頃（１２２５～４７）の写経とされる。現存する棟札のうち判読できるものは元亀３年（１５７２）のものが最古である。天正年間（１５７３～９２）馬屋原河内守の祈願所として社領５０石の寄進があったと伝えられる。天保１５年（１８４４）造営の本殿・拝殿が現在の社殿である。明治初年に熊野神社と改称。近世まで境内に事解男命社（７神）と速玉男命社（５神）の２社が奉斎されていたが、この時合祀した。大正４年に旧賀野村御内谷の御内谷神社（もと妙見大明神と大蔵大明神　経津主命　武甕槌命　倉稲魂命）と荻名の荻名神社（もと若宮　大明神　栲幡千々姫命）を合併した。

旧記（古老の伝）によると大同年中（８０６～１０）あるいは寛和年中（９８５～８７）の勧請かとも伝わるが、当社の本願主と伝えられる雑賀家（現当主４７代、米子市古市在住）には、天平勝宝の頃、神祇官藤原某（雑賀家遠祖）が、疾病退散、天下安定祈願のため熊野本宮に参詣、神託を得て分霊を奉戴し、丹波、但馬、出雲を巡った後に当地に至り、宮を建てて熊野神を奉斎し、大願を成就したとの伝承もある。