創立年代不詳。古老の伝に大和国の三輪大明神の分霊を勧請したと伝わる。

正徳４年（1714）に旧本殿を建立している。往古より南方村の氏神で三輪大明神と称した。

明治初年に境内稲荷大明神（宇賀魂命）と船山の山ノ神（大山祇命）を合祀し、 三輪神社と改称した。

明治４２年５月、境内荒木神社（健御雷命）を合祀。平成１１年４月本殿、幣殿、拝殿を改築した。