萬治２年(１６５９)の火災により、古書棟札等焼失し創立年代不詳。往昔より久古村外１１ヶ村の産土神として山王宮または山王権現と称した。社伝の神幸祭祝詞等から近江の日吉大社を勧請したと思われる。当地は大山領の南西に位置し古くは宮郷（くごう）と云う。久古牧は官牧であった。大国主命を祀り山を日吉山と称し大山領内の総鎮守として崇敬された。明治初年久古神社と改めた。大正５年に清原の北平神社（もと三宝荒神　素盞嗚命）と亀山神社（もと利壽権現と荒神　大山祇命　岩永姫命　素盞嗚命）、口別所の上河原神社（もと利壽権現　思兼命　少彦名命）、福岡の福岡神社（もと荒神　素盞嗚命）を合併した。

大山領３０００石朱印状拝領の時、坂本御殿から松浦氏が添人として来たりこの地に子孫も居住した。又、大山領内各部落の社に当社の分霊を勧請。大山祇神・少彦名神・思兼命を祀らせたと伝えられる。

万治２年（１６５９）以降の棟札１０枚が現存。