創立年代は不明であるが、旧称を日光東照大権現（日光権現）と言う。延長（923～931）の頃すでに鎮座していたと伝わる。山名氏が社領35石を寄進した。また、中村氏の時に社領15石を寄進し、寛永10年（1633）、 藩主池田氏が社領5石2升4合を寄進した。明治元年、三部社と改称され、村内摂末社（もと山ノ神と天神）を合祀した。同5年、福吉神社（現 野上莊神社）の摂社に定められ、同6年、三部神社と改称した。 日光東照大権現の旧称と祭神の変遷について『伯耆誌』（旧神社誌） に考証がある。社領のことなど野上荘神社と合わせて考えるべきである。