創立年代は不詳であるが、 古くから王子権現と称し、近世、野上荘大社の号も許された。天正9年（1581）、吉川治部少輔より社領若干、 同15年、二部城主足羽太郎左衛門が 再建した。慶長6年（1601）8月、 中村伯耆守が社に詣で、社領10石及び敷地を献じた。池田氏が入国の時、 社領3石6斗4升8合を寄進、幕、提灯に池田氏の紋章を用いることを許された。明治元年、末社の諸神（もと八幡宮誉田別尊もと稲荷大 明神倉稲魂命もと恵美須蛭子命もと山神大山祇命もと御﨑 天照荒魂命）を合祀して二部社と改称し、同6年、二部神社と改められた。二部、池田、畑中、郷原の総氏神である。 社地の東南方五町の地（間地の露無し）に元弘2年（1332）後醍醐天皇が隠岐へ遷幸の際に駐在されたと伝わる所があり、その地が当社の旧社地であると伝えられる。