創立年代不詳。下津黒村の氏神で近世まで牛頭天王と称した。

天正9年（1581）羽柴秀吉入国し市場城攻略に際し兵火により焼失。

後に仮殿を造営し再興。享保9年（1724）及び寛政11年（1800）に社殿を改築。

明治元年に下津黒社と称し、同6年に下津黒神社と改称した。