往古より下石見河合奥（当社の近く）に鎮座の大藏大明神の末社（脇宮）として享保19年（1734）に創立された。牛頭天王と称され、病気平癒・家内安全の神として近郷からの参詣者が多くなり文化元年（1804）に遷宮が行われた。明治元年に字名に因んで河合社と改め、同7年に河合神社と改称した。大正3年に下石見の村社大藏神社（前述の大藏大明神、―文和3年（135）の棟札を存する。（『伯耆誌』）―闇山祇命外4神）と村社松尾神社（もと松尾大明神―天正11年（1583）の棟札を存し社殿は9尺5寸。（『伯耆誌』）―大山咋命外四神）および、村社谷田神社（もと疫神、素盞嗚命外七神）、八幡宮（もと今宮八幡誉田別命）、三吉の立石神社（もと山ノ神中山祇命）、無坂神社（もと大國主大明神大己貴命大山祇命）、花口の山口神社（もと山ノ神大山祇命）を合併して石見神社と改称した。大正10年に現在の諸社殿を建立した。