創立年代不詳。古くより、八上姫の御子木の俣の神（御井の神）を祀っていたが、文明年中（1469～87） に出雲の大社より父神大己貴命（大國主命）の分霊を勧請し併せ祀ったと伝わる。

近世まで黒木大明神と称した。

明治初年、境内鎮座稲荷大明神（保食神）を合祀し黒木神社と改称した。

神社後の森は高津の森、また黒木の森と呼ばれた。髙福、高津原集落の氏神である。