創立年代不明。もと山王権現と称した。明治元年、境内末社の（山ノ神大山祇命）を合祀して福永社と改称し、同6年福永神社と改めた。 当村はむかし新印神村（シイガミ）と称されていたが、周囲から出没する野ものに作物を荒らされ困り果てていた。福右衛門、永蔵の2人が 他国へ行こうと決め、村境で一休みしていた時、突然白髪、白衣の老人が現れ、「この種を播けば野ものの害はなくなる」と告げて消え去った。 2人が村に戻って種を播くと一面に菖蒲が生え、野ものの害はなくなり村も繁栄した。それ故両名の頭文字をとり福永村と改めたという伝承がある。