創立年代は不詳であるが、古棟札に天文5年（1536）の文字が見える。近世まで高宮大明神、また皇宮大明神と称した。昔は神領1石9斗5升あったが、寛永年中藩命により上地した。明治元年、高宮社と改め、摂社、末社六神を合祀した。同6年高宮神社と改称。大正8年7月、黒坂村大字福長の村社大歳神社（もと大歳大明神大年命 素盞嗚命活須姫命倉稲魂命大宮姫命太田命大山祇命）と村社山口神社（もと山ノ神大山祇命）、 村社楢原神社（もと國主大明神大國主命大山祇命）、村社諏訪神社（もと諏訪大明神建御名方命大山祇命）、村社井原神社（もと山王権現大物主命大山祇命）、上菅の村社日野神社（もと荒田大明神大巳貴命 少彦名命猿田彦命）と大真木神社（素盞嗚命大山祇命罔象女命）、大原神社（もと花御前大山祇命磐長姫命木花開耶姫命）を合併し、大正9年7月菅福神社と改称した。（上菅、 福長の地名に因む） 社伝に「母来国日野郡菅ノ郷鎮座の高宮大明神は、人皇七代孝霊天皇御旧跡の御社なり。此の大御代に皇尊に背き国民を悩ます者あり、牛鬼と云ふ。帝親征皇后細姫命幸を共にし給ふ。産月に成りて此の郷に到り給ふ。時に河の辺りに大なる石有りて是を高御座となし小菅を苅り薦と成し御鏡を石の上に置き給ひ、姫御子御降誕福姫命（阿禮姫命）と云ふ。 時に河音姦しく天皇彼の御鏡を河に沈め給ひて河伯に祈り給ふ。忽ち河音止まりぬ。其の所を名付けて音無川と云ひ、其の地を産盥と云ふ。更に宮所を求め給ひ行宮を造らしめ給ふ。今の高宮社の地是なり。鏡を置かせ給へる所を鏡岩大明神と斎ひ奉り菅を苅らせ給ひし所を菅の里と云ふ。」とある。