古来、当社は熊野から院内に勧請された熊野権現の氏子であったが、黒谷地内の三宝荒神（素盞嗚命）も崇敬していた。

「貞享二年（1685）二月奉建立三宝荒神新殿」の棟札が残る。

明治3年、黒谷神社として独立し、黒谷一村の鎮守として奉斎した。亀井光延家所蔵文書にその経緯が詳記されている。