創立年代不詳。近世まで緑大明神（實取大明神）と称した。

社伝に嵯峨天皇弘仁年中（810～24） に山城国上賀茂神社の分霊を奉斎したとも伝える。

明治初年に宮谷神社と改称した。別府の氏神である。