創立年代不明。社伝によれば天暦年中（947～57）山城国八坂神社（祇園社）の分霊を勧請したと伝わる。

往古より用瀬村の氏神で妙見大明神と称した。

天正9年（1581）、豊臣秀吉鳥取攻めの際、兵火にかかり社殿を始め古記録一切を焼失した。

慶安2年（1649）の神道裁許状がある。

宝永4年（1707）以降、十数度にわたって藩主のための祈願を行う。

明治初年に村内鎮座の磐瀧神（猿田彦大神　瀬織津姫命）、御腰神（大山祇命）、新座神（大國主神　事代主神）、北野神（道眞公）と境内鎮座の宮山ノ神（大國主神　事代主神）、北野神（道眞公）の6社を合祀し、当時の村名を以て東井神社と改称した。