創立年代不詳。往古より畑村の氏神で、近世まで恩田大明神と称した。

明治初年、境内末社稲荷大明神（保食神）を合祀し、東谷神社と改称した。

大正12年4月に拝殿を新築。

昭和2年9月、舂谷（つくだに）の舂谷神社（須佐之男命）を合祀した。