当社は陽成天皇元慶年中（877～85）石清水八幡宮別宮種八幡宮として勧請され、佐藤某なる者の献金により奉建されたものと伝わる。

尼子晴久が社殿を建立し、社領を奉献している。藩政期に入り、藩主池田家の祈願所として崇敬された。寛延元年（1748）雷火により社殿が全焼したが、地方崇敬者の寄進により再興した。

明治5年に高尾神社と改称したが、同12年に八幡宮に復称した。

大正4年4月上種(下種）の村社大宮神社（もと大宮大明神大已貴命他四神）、東高尾の東高尾神社（もと荒神）を合祀した。

大宮神社（下種が奉斎）は戦後分離した。東高尾、西高尾、上種の氏神である。 元暦2年（1185）正月源頼朝の社領安堵下文（『石清水八幡宮古文書』）に当社が石清水別宮として記されている。

また、境内より出土した経筒は平安時代中期のものといわれ県立博物館に寄託している。