創立年代不詳。近世まで宮﨑大明神と称した。

由緒書等すべて文化年間（1804～18）の火災で焼失したが、口碑によると、大昔はこのあたりは入海で、潮が満ちれば往来が出来ず、住民は困難していた。

孝霊天皇の皇子大日本根子彦国牽尊が之を解消しようと伊弉諾尊・伊弉冉尊を奉斎されたのが本社の始まりと云う。

景行天皇の皇子日本武尊西征の折、台風により社地に漂着、神助に感謝し自ら州の中央に大麻を刺し立て、ご飯を炊いて奉斎されたとも伝える。その地を今も「飯の山」と 呼ぶ（旧神社誌）。元和3年（1617）国主池田光政公の頃、新田開拓に着手したが成功に至らず、新奉行圓乗寺勘兵衛が本社に祈願したところ漸くにして成就、国主感喜して社領3石9斗1升を寄進して、藩の祈願所とした。

明治初年宮﨑神社と改称。大正3年に西穂波神社（素盞嗚尊）を合祀、同5年に村社穂波神社（もと春日大明神天兒屋根尊）を合併した。氏子区域は、大島全域。 境内に船神様と称し船型の岩が祀られているが、これは昔、日本武尊が漂着された小船が石に化したものとされている。