創立年代不明。往古に京都祇園社を勧請し、祇園三社天王、また牛頭天王と称した。天和2年(1682)と天明7年（1787）の建替の棟札が残る。明治初年に字名に因んで深浦神社と改称した。

大正4年11月に合祀された愛宕社は天正2年(1574)8月に飯山に築砦される際、鎮守の神として勧請され、慶長12年(1607)３月に城主によって再建されている。

元和2年(1616)、享保18年(1733)にも城主荒尾氏により再建され、社地を拝領し伯州一円護国鎮火城内火伏の祈願所として崇敬された。昭和53年に拝殿を改築した。