創立年代不詳。往古、山城国賀茂御祖神社を勧請して糺大明神と称された。寛永10年（1633）、藩主池田氏より社領4石7升2合を寄進された。宝暦10年（1760）造営の棟札によれば、元禄年中（1688～1704）及び宝暦年中（1751～64）、二度の火災に遭い社殿焼失、舊記宝物等を失うとある。

『伯耆誌』に「往古は博労町の北に鎮座ありしを宝暦7年（1757）此の地に移す」と記されている。前記の宝暦の火災は7年のことであり、この時、社地を約1．5㎞西方の現社地に遷したものと考えられる。

明治初年に鴨御祖神社と改称した。大正4年に両三柳の北野神社（菅原道眞）と三柳神社（素盞嗚命）、河崎の河崎神社（素盞嗚命）を合併。昭和42年に上後藤の住吉神社（もと古開神社　素盞嗚神　大穴遅神）を合祀した。平成17年に本殿と社務所を改築した。