創立年代不詳。鎌倉時代初期、深田家初代信輝らが濱中の里（車尾の旧俗称）を開拓した頃とされる。米子市車尾、皆生、上福原、中島四ヶ町村の総産土神として崇敬された。

700年近い歴史の中には、車尾の地に縁深い後醍醐天皇、瓊子内親王父子の悲哀御歌、伝説等もある。

戦国時代以降は久代氏、松平氏をはじめ、因伯太守池田氏の武運長久祈願所として崇敬を集める。日野川氾濫の災害もあり、明和3年（1766）3月に現社地に奉遷した。この時京都鞍馬の貴船大神の御分霊を奉戴、天神（道真公）と合祭して貴布禰大明神と改称した。

明治初年に誉田別命以下の諸神（摂・末社）を合祀して貴布禰神社と改称した。

元弘2年（1332）、後醍醐天皇が当地方の豪族深田家に御駐泊された時、当神社に参拝し隠岐国御遷幸の武運長久を祈願。御鞍を敷かれ、しばし休息されたことから、鞍敷神社と改称したという伝承がある。祭神「クラオカミ」に音が通じるが、沿革不詳である。