創立年月は不詳。寛永から萬治の間（1624～60）に9戸移住して吉津と称し、松本次郎助所有の砂丘景勝地を社地と定め、松樹を神木として5坪の籠殿を建立、荒神宮と唱え奉祀した。正徳年間(1711～15)の社帳に記載されている。

明治初年の神社改正の際、葭津神社と改称した。

よい船着き場の意から吉津と称されたというが、海辺に葭が多かったので村名にしたとも伝えられる。