創立年代不明。社伝は往古に伊弉冉命を奉祀し、建久3年（1192）、源頼朝が守護佐々木義清を奉幣使として伊弉諾命を合祭し神領を寄進。戦国に神領減少と伝えるが、主祭神三柱は加賀国白山権現と同神である。

近世まで白山権現（阿陀萱神社摂社）と称し要害山の東、宮ノ谷の宮常原に鎮座。正保元年（1644）野火で社殿宝物等焼失。慶安2年（1649）に現社地に社殿を建立した。明治初年に白山神社と改称した。

大正7年、新山の字トキ石山の萱原神社（天照皇大神外三神）を合併した。