創立年代不明。奈喜良村の産土神で往古より国主大明神と称し、以前は青木大明神の摂社であった。

明治初年奈喜良神社に改称。この時、字三嵜田の摂社（もと御崎神　天照大御神）を合祀。

昭和6年5月、野火によって社殿棟札等を全て焼失した。昭和10年4月、現在地に移転再建された。