創立年代不明。社伝は国司の信仰の厚い旧社であると伝える。

天文7年（1538）の造営には尼子晴久の命を受けて会来山の城主青木勘解由が米銭を寄付。

寛文元年（1661）鳥取藩主より榎原郷（青木、実平、奈喜良）大社（武運長久の祈願所）と定められ造営のつど米銭等を寄附された。

往古より伊弉那岐尊・伊弉那美尊は合殿神として本殿内に祭る。天照大神は天文年間（1532～45）に出雲国日御崎社より勧請し、日御崎大明神と称して字青木谷に祭り、素盞嗚尊は末社荒神で本社境内に鎮座していた。

明治初年両社を合祀して、青木大明神の旧称を廃し、青木神社と改称した。現在は青木一村の氏神である。