創立年月不詳。古くより八幡宮（郷社八幡神社）の摂社で祇園牛頭天王と称していたが、明治初年に村内摂社の日御﨑大明神（天照大日孁尊）と天神宮（天穂日命　菅原道眞）を合祀して、鎮座地側近の地名に因んで巨勢神社と改称した。

昭和45年日野川改修により字祇園の下より現社地に移転遷座した。八幡地区の氏神である。