中世以前に近江国（滋賀）多賀大社を勧請したと思われるが、創立年月は不詳である。往古より多賀大明神と称し、本村内字芝田という処に鎮座していたが、延宝元年(1673)日野川洪水の時、社殿等損壊したので、現今の社地に仮殿を設けて移遷、後年社殿を新築して氏神として奉祀した。

明治初年に現今の社号に改称。蚊屋島神社の摂社であった。大正12年7月に村内鎮座の三部神社（もと荒神と御﨑　素盞嗚命　天照大日孁命）を合併したが、同社は後年分離した。